Facture agence e-commerce : TVA, cession droits et mentions 2026

Créer une boutique Shopify, gérer des campagnes Google Ads, optimiser un tunnel de conversion : toutes ces prestations relèvent de la même règle fiscale. TVA à 20 % en France, auto-liquidation pour les clients européens assujettis, exonération pour les clients hors UE. Ce que beaucoup d'agences e-commerce oublient sur leurs factures : la propriété du code livré et les droits de reproduction sur les visuels. Un oubli qui peut coûter très cher au premier litige client.

TVA agence e-commerce : la règle de base

Client français : 20 % sur tout

Les prestations d'une agence e-commerce sont des services intellectuels. Développement, design, conseil, gestion de campagnes, audit — tout part à 20 % de TVA pour un client basé en France, qu'il soit particulier, commerçant, SAS ou SARL.

Pas de taux réduit, pas d'exception. La TVA à 20 % s'applique sur l'ensemble du montant facturé : forfait création de boutique, abonnement mensuel de gestion, budget publicité refacturé, licences logiciels répercutées au client.

Client UE assujetti à la TVA : auto-liquidation

Un client espagnol, allemand ou belge qui possède un numéro de TVA intracommunautaire valide : vous ne collectez pas de TVA. C'est lui qui la déclare et la récupère dans son pays. Vous facturez HT.

Avant d'émettre la facture, vérifiez le numéro TVA du client sur le portail VIES (vies.ec.europa.eu). Si la vérification aboutit, la facture doit obligatoirement mentionner :

• Le numéro de TVA intracommunautaire du client
• Votre propre numéro de TVA intracommunautaire
• La mention : Autoliquidation — Article 196 de la Directive TVA 2006/112/CE
• Le montant HT uniquement — pas de TVA sur la facture

Si le numéro est invalide ou introuvable sur VIES : vous appliquez la TVA française à 20 %. Ne pas présumer la validité du numéro sans vérification — c'est votre responsabilité.

Client hors UE : exonération totale

Prestation pour une entreprise canadienne, américaine, émiratie : exonération de TVA française (article 259 B du CGI). Vous facturez HT, sans mention d'auto-liquidation. Le client est hors du territoire de la TVA européenne — il gère sa propre fiscalité locale.

Sur la facture : mentionnez "Exonération de TVA — art. 259 B du CGI" ou "Service export — hors champ TVA française" selon votre comptable. Dans tous les cas, pas de TVA à collecter, pas à reverser.

Auto-entrepreneur agence e-commerce : le seuil à surveiller

En tant qu'agence e-commerce ou freelance e-commerce sous statut auto-entrepreneur, vous relevez de la catégorie prestations de services. Le seuil de franchise de TVA en 2026 est de 36 500 € HT pour les services. Sous ce seuil : pas de TVA à facturer, mention obligatoire "TVA non applicable — art. 293 B du CGI" sur chaque facture.

Dès le dépassement de ce seuil en cours d'année, la TVA est due à partir du premier jour du mois de dépassement. Vos factures antérieures restent sans TVA ; les suivantes sont avec TVA à 20 %. Votre logiciel de facturation doit gérer ce basculement sans que vous ayez à reconfigurer chaque facture.

Piège courant : les refacturations de budget publicitaire (Google Ads, Meta Ads) gonflent rapidement le CA déclaré. Un freelance qui gère 5 000 €/mois de budget pour ses clients est potentiellement au-delà du seuil en quelques mois — sans avoir réellement encaissé autant.

Propriété du code et droits de reproduction : l'angle que les agences oublient

Vous livrez une boutique Shopify sur mesure. Qui possède le code des modules développés ? Vous, jusqu'à paiement intégral ? Le client, dès la livraison ? Cette question déchire des dizaines de relations client-agence chaque année. Et la réponse dépend uniquement de ce que dit votre contrat et votre facture.

Par défaut, le droit d'auteur français protège le créateur — donc l'agence. Sans cession explicite, le client n'a aucun droit de modifier, dupliquer ou transférer ce qui a été développé pour lui. En pratique : il ne peut même pas confier la maintenance à une autre agence sans votre accord.

La bonne pratique : indiquer sur le devis et la facture finale :

• La nature de la cession : licence d'utilisation non exclusive ? Cession totale des droits patrimoniaux ?
• Le périmètre : code source, visuels, contenus rédigés, structure de données
• Le territoire et la durée (souvent : monde entier, durée légale de protection)
• La condition de transfert : à la réception du paiement intégral

Une ligne en bas de devis suffit pour la plupart des projets standard. Pour les projets à fort enjeu (marketplace sur mesure, ERP connecté), passez par un contrat de prestation formalisé avec votre avocat.

Exemple de facture : création boutique Shopify

Exemple de facture : gestion mensuelle ads et marketplaces

Refacturation de budgets publicitaires : piège TVA

Deux cas de figure, deux traitements fiscaux différents.

Cas 1 : le client possède son compte Google Ads. Vous gérez le compte avec ses identifiants, la facturation Google va directement au client. Vous facturez uniquement vos honoraires de gestion. Rien à faire de particulier.

Cas 2 : vous avancez le budget sur votre compte agence. Vous refacturez le budget au client en sus de vos honoraires. Ce montant est une refacturation de débours (si vous facturez exactement ce que vous avez payé) ou une marge commerciale (si vous majorez). Dans les deux cas : TVA à 20 % sur la refacturation. Gardez les justificatifs Google Ads pour votre comptabilité.

Le débours pur (refacturation au coût exact sans marge) peut être traité hors TVA sous conditions strictes — votre comptable validera si la situation le permet. Dans le doute : appliquez 20 % sur tout ce que vous refacturez.

Licences logiciels répercutées au client

Vous souscrivez un abonnement Klaviyo, Hotjar ou Privy pour le compte de votre client et vous le refacturez : TVA à 20 % sur la refacturation. Même si le fournisseur (souvent américain) ne vous a pas facturé de TVA française — c'est vous qui collectez la TVA lors de la revente.

L'alternative propre : faire souscrire le client directement à l'abonnement et lui facturer uniquement la configuration et le paramétrage. Moins de complexité comptable pour vous, et le client garde la main sur ses accès si la relation s'arrête.

Mentions légales obligatoires sur une facture d'agence e-commerce

• Numéro de facture séquentiel et chronologique
• Date d'émission
• Dénomination et adresse de l'agence + SIRET
• Numéro de TVA intracommunautaire (si assujetti)
• Coordonnées complètes du client + son numéro de TVA-IC si UE assujetti
• Description précise de chaque prestation (pas juste "prestation de services")
• Prix unitaire HT, taux de TVA, montant TVA, total TTC ligne par ligne
• Conditions de paiement et date d'échéance
• Pénalités de retard (taux légal ou conventionnel) + indemnité forfaitaire de recouvrement de 40 €
• Clause de propriété intellectuelle si applicable

FAQ — Facture agence e-commerce

Doit-on facturer la TVA sur une formation e-commerce dispensée à un client ?

Oui, à 20 % en règle générale. Il existe une exonération pour les organismes de formation certifiés Qualiopi (article 261 4 4° du CGI). Si votre agence est certifiée Qualiopi et que la formation est dispensée dans ce cadre : exonération possible. Sans certification : TVA à 20 %.

Peut-on déduire la TVA sur un abonnement Shopify souscrit pour un client ?

Si vous êtes assujetti à la TVA en régime réel : oui, la TVA sur l'abonnement Shopify (facturé avec TVA irlandaise ou française selon le contexte) est récupérable. En franchise de TVA : non, c'est un coût net.

Faut-il un contrat en plus de la facture pour une mission de refonte e-commerce ?

Pour toute mission dépassant quelques milliers d'euros, oui. Le contrat précise les livrables exacts, les délais, les responsabilités en cas de retard, les conditions de révision et surtout la propriété intellectuelle. La facture n'est pas un contrat — elle constate une transaction, elle ne la cadre pas.

Comment facturer une commission sur ventes générées par l'agence ?

Si votre rémunération inclut un variable sur le chiffre d'affaires généré : c'est une prestation de services commerciale. TVA à 20 % sur la commission. Indiquez sur la facture la base de calcul (CA du mois, taux de commission, périmètre des ventes concernées) pour que le client puisse vérifier.

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